همزمان با ساير بيمارستانهاي دانشگاه علوم پزشكي شهركرد،بيمارستان بروجن نيز در حال فراهم نمودن مقدمات برنامه((پرداخت مبتني بر عملكرد ))ميباشد.براساس اين برنامه پرداخت كارانه از حالت سنتي سابق خارج شده و براساس درامد هربخش و منابع  معين ميگردد.

همچنين بايد به اين نكته نيز اشاره نمود كه كارانه طبق اين برنامه به كليه كاركنان اعم از نيروهاي خدمات ،پاراكلينيك،پرستاري،پزشكان و متخصصان ونيروهاي اداري تعلق ميگيرد.