به استناد رأی صادره در دویستمین جلسه مورخ 16/12/88 شورای گسترش دانشگاههای علوم پزشکی با راه اندازی رشته مهندسی بهداشت محیط در مقطع کارشناسی ارشد ناپیوسته با ظرفیت پذیرش 4 دانشجو بصورت مشترک با دانشگاه علوم پزشکی اصفهان برای یک دوره موافقت بعمل آمد. دکتر جعفر نصیری با اعلام این خبر گفت : در حال حاضر بالغ بر 1600 دانشجو در پنج مقطع و 18 رشته تحصیلی در این دانشگاه مشغول به تحصیل هستند . معاون آموزشی دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد افزود اخذ مجوز رشته های تحصیلات تکمیلی از اولویتهای کاری این دانشگاه است که در دستور کار حوزه معاونت آموزشی قرار دارد. وی همچنین گفت از ابتدای تأسیس این دانشگاه تا کنون بیش از 6000 دانشجو از این دانشگاه فارغ التحصیل شده اند.