دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد فعالیت آموزشی خود را از سال 1365 با پذیرش دانشجو در رشته های پزشکی ، پرستاری و مامایی آغاز نمود. در دانشکده پزشکی گروهی با عنوان " بهداشت" مشتمل بر اساتیدی در رشته های اپیدمیولوژی، بهداشت محیط، مدیریت خدمات بهداشتی درمانی و آموزش بهداشت به ارائه خدمات مرتبط مشغول خدمت بودند. در سال 1370 پذیرش اولین گروه از دانشجویان بهداشت در رشته کاردانی بهداشت محیط و سپس مبارزه با بیماریها و بهداشت خانواده در دانشکده پزشکی شهرکرد آغاز شد.
با تصویب دانشکده بهداشت در دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد در سال 1383 ، گروه بهداشت از دانشکده پزشکی جدا شده و به صورت مستقل دانشکده بهداشت فعالیت آموزشی خود را در قالب سه گروه آموزشی اپیدمیولوژی و آمار زیستی، گروه بهداشت محیط و گروه بهداشت عمومی آغاز نمود. درسال 1383 دوره کارشناسی ناپیوسته مهندسی بهداشت محیط و درسال 1389 کارشناسی پیوسته مهندسی بهداشت محیط و کارشناسی ارشد مهندسی بهداشت محیط و کارشناسی پیوسته بهداشت عمومی و در سال 1390 کارشناسی ارشد آمار زیستی و در سال 1394 کارشناسی ارشد اپیدمیولوژی و در سال 1397 دکترای تخصصی مهندسی بهداشت محیط به دوره های تحصیلات تکمیلی دانشکده اضافه گردید.