رسالت معاونت تحقیقات و فناوری دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد، انجام تحقیقات کاربردی و فعالیت های فناورانه با بهره گیری از استاندارد های ملی و بین المللی و نیز تولید دانش محصول محور مبتنی بر نیازهای جامعه، خلق ثروث، توسعه اقتصاد دانش بنیان و تجاری سازی دستاوردهای پژوهشی می باشد و ماموریت دارد تحقیقات و فناوری را جهت دستیابی به شاخص های مطلوب سلامت مدیریت نموده و بر اساس ظرفیت ها و پتانسیل های استان، با تلاش مضاعف زمینه را جهت تولید و انتشار علم و فناوری برای محققین در سطح دانشگاه، استان و کشور فراهم نموده و دانش و فناوری تولید شده را در راستای بهبود کیفیت زندگی و سطح سلامت مردم در اختیار آنها قرار دهد.