آزمایشگاه کنترل مواد غذایی،آشامیدنی، آرایشی و بهداشتی مسئولیت نظارت بر کنترل مواد اولیه مورد مصرف در صنایع غذایی و مواد غذایی فرآوری شده در کلیه مراحل تولید، عرضه و توزیع فرآورده های غذایی،آشامیدنی آرایشی و بهداشتی، از طریق انجام آزمونهای ارگانولپتیکی، فیزیکی و شیمیایی، میکروبی و سم شناسی بر اساس استانداردهای موجود را برعهده دارد. در این آزمایشگاه بخشهای میکروب شناسی غلات و فرآورده های آن، لبنیات، مواد پروتئینی ، رنگ، میوه و سبزی، بسته بندی و... وجود دارد که با توجه به نوع نمونه و آزمونهای درخواستی در بخش مورد نظر مورد آزمون قرار می گیرد.